​本世纪初，连云港港虽然已经拥有马腰、庙岭、墟沟三大作业区，可承载货种种类繁多。但码头泊位等级较低一直制约着港口的发展。特别是船舶大型化、航道深水化发展趋势下，港口对“深水大港”早已望眼欲穿。

2007年元旦，时任国务院总理的温家宝视察连云港时指出，连云港港，小而言之是带动苏北发展的龙头，大而言之可以带动江苏全省的发展，再大一点，从全国区域范围可以带动经济协调发展，并要求连云港港要“做好规划，加快发展”。

有了中央的指导，江苏省委省政府专题研究连云港港发展定位、发展规划和发展目标，提出举全省之力发展连云港。按照“一体延伸，两翼拓展”的组合港发展思路，连云港区旗台作业区首次被写入规划，以大宗干散货区和液体散货运输为主。

2008年4月，旗台作业区首个项目，当时江苏省最大码头——30万吨级矿石码头水工主体工程开工建设。与此同时，30万吨级深水航道也于2009年开始分期建设。2009年9月，该码头投入试生产。2010年12月24日，满载20万吨铁矿石的“欧戴尔”巨轮靠泊连云港港，刷新了连云港港进港船舶载重吨位新纪录。

旗台作业区30万吨级矿石码头的建设与投产，标志着连云港港最大靠泊能力从15万吨级跃上了30万吨级的新台阶，适应了当时铁矿石运输量不断增长以及船舶大型化的境况。港口人多年的‘深水大港’梦从理想变为现实。

2008年7月起，旗台作业区3个液体散货泊位工程及石化产品储罐区工程相继开工建设；2013年11月，旗台作业区再添氧化铝、散化肥2个10万吨级专业化泊位，成为连云港港最大专业化作业区。

2022年12月9日，总投资约1.1亿元的连云港港40万吨矿石码头改扩建工程开工建设。

​建设40万吨矿石码头是加快落实《交通强国建设纲要》指示精神的重要实践，项目建成后，连云港港将成为江苏省首个通航40万吨船舶的世界级深水港，极大提升连云港港的区位优势和核心竞争力。

港口40万吨矿石码头计划将于今年全面竣工。届时，连云港港旗台作业区将形成以一条30万吨级航道为依托，以一个40万吨码头为主力，以各级散货码头为补充的铁矿石接卸、转水及混矿系统，进一步巩固连云港港深水化、大型化、专业化核心竞争优势。连云港港正在朝着打造绿色专业化大宗商品集散中心阔步前行！